Linux是单体内核，即将图形、
驱动及文件系统等功能全在操作系统内核中实现，运行在内核状态和同一地址空间，其优点是减少了进程间通信和状态切换的系统开销，获得较高的运行效率；缺点是内核比较庞大！
WinCE是微内核，即在内核中实现基本功能，而将图形系统、文件系统、设备驱动及通信等功能都放在内核之外，以系统服务的形式提供各种功能。其不足之处在于运行中用户状态和内核状态须频繁地切换，从而导致系统效率不如单体内核。
从以面介绍来说，很明显在实时性来说，Linux要优于WinCE，但Linux方面做驱动、文件系统等，如
开发人员的水平不高，会严重影响系统的稳定性！
其实Linux跟WinCE各有优缺点，Linux内核稳定、网络功能强大，网络资源多，而且还免费。但不足的地方就是网络上的免费资源大多是试用级，而不是产品级，N多BUG，以致让Linux背了黑锅！而操作不够人性化、要OEM厂商开放源码，这些是Linux跟WinCE竞争的劣势。
而WinCE的强处在于开发人员从Windows转过来很容易，开发工具集成、功能强大，而且界面美观（但其实里面也有不少BUG）。但要收费这点是所有用WinCE的公司的心病，而且WinCE的稳定性也有待提高。
从开源的角度来看，Linux是完全开源的！而WinCE目前还没做到完全开源！！
从开发的角度来看，Linux的开发难度较高。而WinCE的开发难度较低。
个人建议，如果有一个有实力而比较稳定的团体，开发一些长线产品，使用Linux会比较好。而实力差一些的公司，开发一些使用带图形界面的产品，用WinCE会比较好。